党的十七大提出了建立主体功能区布局的战略构想，将国土空间划分为优化开发、重点开发、限制开发和禁止开发四类。“限制”和“禁止”开发，使得该区域的资源价值与生态价值在现实中不能反映出来。如何建立科学合理的生态补偿机制，以体现这两类开发区的生态价值，既是有效保护生态资源价值的紧迫需要，也是建立和谐社会的重要措施，具有重要的战略地位。
那么，建立生态补偿机制的核心问题是什么？建立生态补偿机制关键是要解决四个核心问题：一是谁是责任主体；二是谁来补偿；三是如何补偿；四是补偿多少。
核心问题一：
谁是生态补偿的责任主体
公共产品理论告诉我们，政府是提供公共产品的主体。
公共产品是与私人产品相对应的概念。它们的划分一般根据两个基本属性：一是受益的非排他性，二是消费的非竞争性。由于公共产品具有这两个特征，私人出于自身利益考虑，不愿意参与公共产品的供给。公共产品概念最主要的公共政策含义是，政府应当在提供这类物品上发挥主要作用，否则就会出现供给不足的问题。因此，在市场经济国家，政府是公共产品和公共服务的主要提供者。
生态环境作为人类生存栖息之地，在受益的非排他性上具有明显的公共产品属性，应该由政府供给。在建立生态补偿机制时，一定要意识到，完善生态领域的公共服务重要的是强调政府的主体责任。
中国在建立生态补偿机制的初期阶段，政府的主导作用非常关键，只要政府重视并有一定财力，生态补偿机制的建立就可以进入轨道。浙江就是典型的例子。浙江省专门设立了生态补偿专项资金，如台州市设立600万元长潭水库饮水源保护专项资金；绍兴县每年从自来水费中提取200万用于源头地区的生态保护。浙江省财政口子用于生态补偿转移支付的资金总额，2005年达65亿元。
核心问题二：由谁来补偿
根据公共产品理论，对这种生态服务应该是全体受益者购买，或者说是其代表——政府购买，政府购买的资金来自公共收入，即可以由公共财政支付。但是，这不是补偿的全部。
政府是生态保护的责任主体，但并不意味着政府是付费主体。根据生态补偿原则：“谁开发谁保护，谁破坏谁恢复，谁受益谁补偿，谁污染谁付费”。因此，谁来付费这个问题，其实是利益相关者之间的责任问题。“生态补偿”的本质内涵是，生态服务功能受益者对生态服务功能提供者付费的行为。因此，付费的主体可以是政府，也可以是个体、企业或者区域。
目前，我国已明确划分“主体功能区”和“生态区划”，但是这两种区划都没有将生态效益的提供者和受益者的范围界定清楚。建议在全国主体功能区划的基础上，明确各生态功能的定位、保护的责任和补偿的义务。在生态效益的提供者和受益者的范围界定清楚后，接下来就要建立“利益相关者补偿”机制。 “利益相关者补偿”是代表生态链和产业链上不同区域之间的补偿。主要方式：一是“资金横向转移”补偿方式，二是利益双方的博弈与协商，即市场化交易方式。
核心问题三：如何进行补偿
根据外部性理论，公共产品在其供给和消费过程中会产生外部性。这是生态补偿所要解决的核心问题。
所谓“解决”，就是使外部性内部化，就是说，将额外成本或者收益都由生产者自己来承担或享有。那么，如何实现外部性的内部化？公共对策有两个：一是庇古思路(政府干预)：征“庇古税”；二是科斯思路(市场机制)，即政府不必出面干预，由市场自行解决，但这必须有一个前提，即明晰产权关系。
因此，建立生态补偿机制主要有政府与市场两种途径。
一是政府补偿方式：
(1)加大财政转移支付资金。我国目前的补偿机制基本模式是中央向地方的财政转移支付。2006年中央对地方财政转移支付比1994年增长18．8倍，年均增长28．3%。巨额的财政转移支付资金为生态补偿提供了很好的资金基础。
(2)征收“生态税”。我国同生态环境关系最为密切的一个税种是1984年开征的资源税，在设计之初，其宗旨是调节级差收入，但自1994年税制改革后，资源税被划分为地方税，在实际中很难达到调节级差收入的作用。因此，我国目前不存在纯粹意义上的生态税收。税收作为有效的经济调控手段，在控制环境污染、保护生态环境方面具有重要的作用。我国应该考虑设置生态税种。
(3)政府“赎买”。“禁止商品性采伐”使得“靠山吃山”的林农民失去了赖以生存的基础。针对这部分农民的补偿问题，国家应实行“赎买”的办法。如生态公益林由政府赎买，变为国有，这是最好的解决办法。从国外经验来看，发达的林业国家走的都是这条路。如美国在生态森林养护方面，采取由联邦政府和州政府进行预算投入，即选择“由政府购买生态效益、提供补偿资金”等方式来改善生态环境。目前，贵州省正在探索此办法。但政府“赎买”要考虑林地的产权及土地价值，解决农户在林地被收购后的生存基础问题。
二是市场化补偿方式：
市场补偿相对于政府补偿来说是一种激励式的补偿制度，是通过市场的调节使生态环境的外部性内部化。目前，我国市场化补偿方式取得了一定的进展。
(1)生态补偿费的实践。早在1983年，云南省环保局以昆阳磷矿为试点，对每吨矿石征收0．3元，用于采矿区植被及其他生态环境恢复的治理，取得了良好效果。1989年我国环保部门会同财政部门，在广西、江苏、福建、陕西榆林、山西、贵州和新疆等地试行生态环境补偿费。1993年，内蒙古、包头和晋陕蒙接壤地区等17个地方，试行征收生态环境补偿费。
(2)排污权市场交易模式。二氧化硫排污权交易。1994年，国家环保总局在包头、开远、柳州、太原、平顶山和贵州等6个城市开展试点，实施大气排污交易政策。
(3)水权交易模式。一是跨行业水权交易的尝试。2003年，内蒙和宁夏两区通过转让水权的方式，将农业用水权转让给火电厂，开创了水权理论在中国跨行业交易的先例。二是流域上下游的水权交易。如上游地区将节余的水资源有偿提供给下游地区；或是上游地区通过努力保护水质，给下游地区提供了优质水资源，下游避免了使用劣质水资源的损失，这部分受益可以以某种方式补偿给上游地区，实现流域上下游双赢。
由于这种补偿有赖于在对生态环境价值评估的基础上进行，为此，国家和省的有关主管部门应加快探索建立环境资源的价值评价体系，制定科学合理的补偿标准。
(4)林权制度改革。2003年，福建、江西、辽宁、浙江等省率先推进林权制度改革。林权制度改革后，调动了林农护林的积极性，从“要我造林”向“我要造林”转变。从2005年－2007年，江西武宁县长水村先后有上百户农民自发上山造林，造林数量超过此前20年总和。
核心问题四：应补偿多少
生态系统服务的价值理论则从量上回答了补偿多少问题。1997年Ｒｏｂｏｔ·Ｃｏｓｔａｎｚａ等将全球生态系统服务功能划分为气候调节、水调控、水土流失控制、物质循环、污染净化、文化娱乐价值等17种功能。通过测算，得到如下基本结论：整个生物圈每年产生的价值平均最少为33万亿美元，为全球ＧＮＰ的1．8倍。这种价值构成全球社会经济价值的一部分。这是目前最有影响的对生态系统服务类型的研究结果。生态系统服务价值评估方法为生态补偿提供了量化标准，有利于制定合理的生态补偿价格。
2000年后，我国在林业系统先后实施了退耕还林(草)政策、生态公益林补偿金政策、天然林保护工程等三大生态政策；在农业系统实施了退牧还草政策。但是4个现有的项目预算，考虑了生态补偿因素，但在计算生态补偿标准时，实际上只计算了农民原来种植粮食的机会成本，没有补偿发展机会成本的损失，与瑞典等发达国家对退耕造林实行50%的补助率相差甚远。为此，有些被补偿地方的政府认为，他们不仅需要生态建设和保护的资金，更需要提高当地发展能力和社会福利水平的资金和援助，这往往是处于贫困阶段的当地群众更关心的一个问题。
在制定生态补偿标准时，美国和欧盟的标准值得借鉴。美国的退耕补偿政策，政府主要是借助竞标机制和遵循农户自愿的原则来确定与各地自然和经济条件相适应的补偿标准，通过农户与政府博弈，化解了生态补偿中的潜在矛盾。欧盟在生态补偿机制中，广泛采用“机会成本法”，即根据各种环境保护措施所导致的收益损失来确定补偿标准，然后再根据不同地区的环境条件等因素制定出有差别的区域补偿标准。
通过上述分析可以知道，生态补偿机制就是这样一种制度：其一，生态保护属公共产品，保护生态环境的责任理应归属于公共部门。其二，生态保护为社会提供的生态效益具有正的外部性，需要通过一定的政策手段实行生态保护外部性的内部化，让生态保护成果的“受益者”支付相应的费用。第三，生态补偿的背后反映的人与人的利益关系，建立利益相关者责任机制，才能真正体现“谁受益谁付费”的原则；其四，生态补偿标准需要科学量化。生态系统服务价值评估方法为生态补偿提供了量化标准，有利于制定合理的生态补偿价格。
